Aunque la historia de San Pedro Alcántara es algo reciente (casi siglo y medio desde que el Marqués del Duero fundara la Colonia), subsisten testimonios históricos de un pasado más lejano, como Las Bóvedas, edificación romana del siglo III, en ruinas; la Basílica paleo-cristiana de Vega del Mar, del siglo IV (monumento de interés histórico) o la Torre Vigía, del siglo XVI.

El origen de San Pedro Alcántara se debe al General Manuel Gutiérrez de la Concha e Irigoyen, primer Marqués del Duero, quien amparándose en la Ley sobre Repoblación de Tierras establecida en España en el año 1855, crea cinco años más tarde, la Colonia Agrícola de San Pedro Alcántara.

Este nombre puesto a tan ambicioso proyecto es el homenaje que rinde el Marqués del Duero a su madre, Petra de Alcántara Irigoyen y de la Quintana, y a San Pedro Alcántara, santo extremeño de gran devoción de la familia.

La Construcción de pequeñas presas permitieron poner en marcha un sistema de regadíos que permitió introducir nuevas formas de cultivo intensivo en una extensión aproximada de 10.000 hectáreas, previamente roturada y desecada.

Al mismo tiempo, se importan de los Estados Unidos y Gran Bretaña las últimas novedades técnicas en maquinaria agrícola.

La mano de obra a emplear debía tener experiencia agrícola por lo que el Marqués reclutó colonos y jornaleros en pueblos litorales de Granada y Almería, y en Valencia y Murcia. Se les ofrecieron unas condiciones atractivas y progresivas para la época: vivienda, huerto común familiar de autoconsumo y economato.

El proyecto se remata con la creación de una Escuela de Capacitación Agraria (también llamada Escuela de Capataces), o Granja-Modelo, que debía proporcionar especialistas y capataces para impulsar el desarrollo de la colonia. Una magnífica idea que no llegó a realizarse completamente.

Una antigua calzada romana era el único medio de comunicación terrestre, por lo que se mandó construir una red de carriles de calidad, algunos de ellos todavía utilizados hoy.

La segunda vía de comunicación era el mar, a través del cual se realizaba el abastecimiento de simientes y otras necesidades del cultivo y el envío a Málaga de la caña de azúcar.

La imposibilidad de hacer frente a los fuertes intereses de los prestamos contraídos obligan al Marqués y después a su hija, a vender la colonia en 1874.